Tổng công ty Lương thực Miền Bắc là doanh nghiệp nhà nước hạng đặc biệt được thành lập theo Quyết định số 312/TTg ngày 24/5/1995 của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở tổ chức lại các doanh nghiệp thuộc Tổng Công ty Lương thực Trung ương I và các doanh nghiệp Lương thực thuộc các tỉnh từ Thừa Thiên-Huế trở ra. Chính phủ đã ban hành Nghị định số 46/NĐ-CP ngày 17 tháng 7 năm 1995 phê chuẩn Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Tổng công ty. Theo các văn bản trên, Tổng công ty có nhiệm vụ quản lý, tổ chức sản xuất kinh doanh các mặt hàng lương thực, nông sản và chịu trách nhiệm trước Chính phủ trong việc đảm bảo an ninh lương thực quốc gia.
Ngày 25 tháng 9 năm 2009, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 1544/QĐ-TTg về việc chuyển đổi hoạt động của Tổng công ty theo hình thức “công ty mẹ-công ty con”, trong đó Công ty mẹ -Tổng công ty Lương thực miền Bắc là doanh nghiệp 100% vốn nhà nước, các đơn vị thành viênsẽ trở thành các công ty con, công ty liên kết. Đồng thời, theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Tổng công ty đã hoàn thành, trình Chính phủ phương án sáp nhập Tổng công ty Muối vào Tổng công ty Lương thực miền Bắc.
Hiện nay, Tổng công ty có 27 đơn vị thành viên hạch toán độc lập đã được cổ phần hóa là các công ty con; 05 đơn vị là công ty liên kết và 03 liên doanh với nước ngoài. Phần lớn các đơn vị thành viên của Tổng công ty có trụ sở chính tại các tỉnh phía Bắc, tuy nhiên, để đảm bảo nguồn hàng cung ứng cho xuất khẩu và tiêu thụ trong nước, Tổng công ty có 14 đơn vị, chi nhánh của đơn vị thành viên đóng tại thành phố Hồ Chí Minh và các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long.
Phấn đấu đến năm 2020 xây dựng Tổng công ty thành một tập đoàn sản xuất, chế biến kinh doanh xuất nhập khẩu lương thực, thực phẩm hàng đầu Việt Nam. Tập đoàn hoạt động đa ngành, đa lĩnh vực, đa sở hữu, trong phạm vi cả nước, trong đó, SXKD chế biến, XNK lương thực giữ vai trò chủ đạo. Tập đoàn bao gồm các Tổng công ty, công ty con, công ty liên kết, tự nguyện liên kết.